大部分患者在买某一种新药时，都会细心地询问服药时间;可对于吗丁啉这样的常用药，却总会忽视这一“问”。在临床上，我们发现，病人经常想当然地认为，助消化药就应该在饭后吃。这种错误虽然没有很大的副作用，但会影响疗效。
正确的方法是，饭前半小时左右服用。
选择饭前30分钟这个时间，主要出于两个方面的考虑。首先，饭前胃空，吗丁啉容易被吸收，能很快在幽门处扩大幽门，舒张其直径，使胃窦涌动，帮助消化排空。其次，药物代谢动力学研究表明，吗丁啉血药高峰浓度是在服药后20—30分钟，如果在餐前30分钟左右服药，进餐时正值血药浓度达高峰时，也正是药效发挥最强的时候，这对于增加食道下部括约肌张力、增强胃蠕动、促进胃排空、协调胃与十二指肠运动都有很好的效果，腹胀等消化系统症状因而会明显减轻。
相反，若在饭后服用吗丁啉，一方面吸收差，药效发挥延迟，不仅不能起到治疗的作用，甚至有些病人服药后还会出现饿得更快，但吃东西后胃胀得更厉害的现象;另一方面，药物吸收减少，血药浓度降低，也会导致疗效不理想。有资料表明，饭后服用吗丁啉，其疗效可降低30%。
除了服药时间，不能按时服药，甚至减少服药次数，也会影响疗效。因为吗丁啉在体内代谢很快，半衰期约为7—8小时，如果减少服药次数或服药不规律，不能维持其血药浓度，就很难充分发挥其正常疗效。
需要提醒的是，此药不宜久服，长期服用可能耐药或出现锥体外系症状，如震颤、催乳素水平升高及女性月经不调(专题 访谈 咨询)等副作用。另外，吗丁啉应与抗酸剂、抑制胃酸分泌剂及胃黏膜保护剂等药分开服用，避免与抗胆碱药合用。有胃肠痉挛的病人禁用。